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Bragantia

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Genetics and Molecular Biology

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Horticultura Brasileira

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Brazilian Journal of Plant Physiology

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Crop Breeding and Applied Biotechnology

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Food Science and Technology

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Multidisciplinary

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Dairy

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Horticultura

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Agronomia

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Estimates of genetic parameters for juvenile traits in macaw palm
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Lustri, Elivelton Alves

; Siqueira, Walter José

; Azevedo Filho, Joaquim Adelino de

; Vianna, Suelen Alves

; Colombo, Carlos Augusto

Bragantia

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2021, Volume 80 elocation e2821

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

ABSTRACT Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex. Mart. (Arecaceae) is a neotropical oil palm of widespread occurrence in the American continent and with great economic potential for the energy and food sectors. Genetic breeding studies for the species are very recent, with a need for basic knowledge from the genetic diversity in agronomic traits. Thus, the aim of this work was to estimate genetic variance, heritability, and genetic gain as well as to propose strategies of selection. Two-year evaluations of eight agromorphological characteristics were carried out in two experimental fields composed of 50 open-pollinated progenies. The results revealed moderate heritability for progeny average to thorn density in the abaxial side ( = 0.402 in Pindorama) and relative chlorophyll index ( = 0.458 in Presidente Prudente). The selective accuracy was 0.634 and 0.677 for the same traits, respectively. In the combined analysis, the higher values of heritability were obtained to thorn density on the abaxial region of leaves and relative chlorophyll index (0.616 and 0.666, respectively). Moderate to high magnitude values of genetic gain was reached for traits with greatest agronomic interest, as plant height Gs (%) = 19.64, number of leaves Gs (%) = 26.43, stipe diameter at breast height Gs (%) = 12.51, and relative chlorophyll index Gs (%) = 38.12. In conclusion, the results indicate considerable genetic variability for the evaluated traits and suggest that their most effective use for the purpose of genetic gains would be based on the combined selection between and within progenies.

https://doi.org/10.1590/1678-4499.20200463 287 downloads

Genome composition and pollen viability of Jatropha (Euphorbiaceae) interspecific hybrids by Genomic In Situ Hybridization (GISH)
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Souza, Rosilda Cintra de

; Marques, Daniela de Argollo

; de Carvalho Filho, Marcel Mamede

; Oliveira, Ana Rafaela da Silva

; Siqueira, Walter José

; Benko-Iseppon, Ana Maria

; Brasileiro-Vidal, Ana Christina

Genetics and Molecular Biology

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2019, Volume 42 Nº 4 elocation e20190112

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Abstract Interspecific hybridization is required for the development of Jatropha curcas L. improved cultivars, due to its narrow genetic basis. The present study aimed to analyze the parental genomic composition of F1 and BC1F1 generations derived from interspecific crosses (J. curcas/J. integerrima and J. curcas/J. multifida) by GISH (Genomic In Situ Hybridization), and the meiotic index and pollen viability of F1 hybrids. In F1 cells from both hybrids, 11 chromosomes of each parental was observed, as expected, but chromosome rearrangement events could be detected using rDNA chromosome markers, suggesting unbalanced cells. In the BC1F1, both hybrids had 22 chromosomes, suggesting that only n = 11 gametes were viable in the next generation. However, GISH allowed the identification of three and two alien chromosomes in J. curcas//J. integerrima and J. curcas//J. multifida BC1F1 hybrids, respectively, suggesting a preferential transmission of J. curcas chromosomes for both hybrids. Pollen viability in F1 hybrids derived from J. curcas/J. integerrima crosses were higher (82-83%) than those found for J. curcas/J. multifida (68%), showing post-meiotic problems in these last hybrids, with dyads, triads, polyads, and micronuclei as post-meiosis results. The here presented cytogenetic characterization of interspecific hybrids and their backcross progenies can contribute to the selection of the best genotypes for future assisted breeding of J. curcas.

https://doi.org/10.1590/1678-4685-gmb-2019-0112 819 downloads

Contributions of the Instituto Agronômico (IAC) for plant breeding
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Carbonell, Sérgio Augusto Morais

; Guerreiro Filho, Oliveiro

; Siqueira, Walter José

Crop Breeding and Applied Biotechnology

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Dez 2012, Volume 12 Nº spe Páginas 15 - 24

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O Instituto Agronômico (IAC) é a uma instituição pública de 125 anos com missão de gerar ciência e transferir tecnologias para o setor agrícola. Neste artigo são descritas as principais conquistas do melhoramento de plantas e adoção das cultivares IAC. O impacto em setores do agronegócio é demonstrado pela disponibilização dos resultados de pesquisas, especialmente na forma de produtos, como sementes e mudas de 90 espécies. Destas, 955 cultivares foram devidamente descritas, caracterizadas e colocadas à disposição de agricultores (636 cultivares registradas no RNC/MAPA). Entre 1932 e 2012, o IAC disponibilizou uma média de 12 cultivares por ano, sendo que no período de 2003 a 2012, 185 cultivares foram registradas (uma nova cultivar a cada 20 dias). Os reflexos desta ação podem ser avaliados pela representatividade das cultivares IAC nos usos, costumes e preferências alimentares, dentre outras possíveis aferições sobre os impactos e/ou retorno econômico dos investimentos aplicados na Instituição.

The Instituto Agronômico (IAC) is a public institution that was founded in 1887 and has the mission of generating science and transferring technologies for the agricultural sector. This paper describes the main achievements in plant breeding and the use of IAC's cultivars. The impact in the agribusiness sector is demonstrated by the release of research results, especially in the form of products such as seeds and seedlings of 90 species. Out of these, 955 cultivars were properly described, characterized and made available to farmers (636 of them are registered in the National Cultivar Registration Service). Between 1932 and 2012, IAC released an average of 12 cultivars per year, and in the period of 2003 to 2012, 185 cultivars were registered (one new cultivar every 20 days). The results can be evaluated by the representativeness of IAC in the use, customs and food preferences, among other possible measurements on the economic impact and/or return on investments made in the Institution.

1625 downloads Citado 1 vez em SciELO

Selection of new clones of linalool chemotype from genetic recombination in Lippia alba
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Rufino, Elcio Rodrigo

; Siqueira, Walter José

; Marques, Márcia Ortiz Maio

; Colombo, Carlos Augusto

; Azevedo Filho, Joaquim Adelino

; Martins, Antônio Lúcio Melo

Bragantia

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2012, Volume 71 Nº 2 Páginas 155 - 164

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

A espécie Lippia alba, aromática e medicinal, é nativa da América do Sul (Mata Atlântica) e possui muito vigor e rusticidade. Por ser espécie alógama e autoincompatível, as populações naturais possuem elevada variabilidade morfológica e química. O presente trabalho teve por objetivo realizar uma triagem prévia para identificação de novos clones promissores, oriundos de uma população-base inédita (recombinante) de Lippia alba quanto às características agronômicas e fitoquímicas, tendo como modelo o óleo ou quimiotipo linalol. Como controles, utilizaram-se os dois melhores clones linalol, obtidos por coleta. As características avaliadas foram: massa seca de folhas (MSF), rendimento de óleo (RD%), produção de óleo por planta em g (PO) e porcentagem de linalol (LN%). Foram avaliados 40 clones de quimiotipo linalol em três experimentos em delineamento de blocos ao acaso com quatro repetições e quatro estacas (clones) por parcela. Todos os dados foram obtidos com médias por planta. As médias foram testadas por Scott e Knott a 5% de probabilidade. Para auxiliar na seleção prévia de clones também foi empregada a análise multivariada. Houve correlações positivas moderadas a fortes para MSF x RD%, PO x RD% and MSF x PO. Para as características MSF, RD%, PO e LN% (análises univariadas) identificaram-se clones linalol superiores e semelhantes aos dois controles visando às experimentações posteriores de validação. Na análise de agrupamentos (UPGMA) foram definidos cinco grupos distintos e cada um deles também com subgrupos.

The aromatic and medicinal species Lippia alba is vigorous and rugged native to the South America (Atlantic Rainforest). Because it is an allogamous and self-incompatible species, natural populations have high morphological and chemical variability. This work had as objective to conduct a preliminary screening to identify new promising clones from a novel (recombinant) base population of Lippia alba with regard to its agronomic and phytochemical traits, using the linalool oil or chemotype as model. The two superior linalool clones, obtained by collection, were used as controls. Traits evaluated included: dry mass of leaves (DML), oil yield percentage (EOY%), oil production per plant (OP), and linalool percentage (LN%). Forty linalool chemotype clones were evaluated in three experiments, in a random block design with four replicates and four cuttings (clones) per plot. Besides means comparisons, multivariate analysis was used in order to aid in the preliminary selection of clones. There were positive correlations from moderate to strong for DML vs. EOY%, OP vs. EOY% and DML vs. OP. Linalool clones superior or similar to both controls were identified for the DML, EOY%, OP, and LN% traits (univariate analyses), aimed at further validating experimentation. Five distinct groups were defined in the cluster analysis (UPGMA), each containing subgroups as well.

2152 downloads

Desempenho agronômico de híbridos F1 de tomate de mesa
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Santos, Fabrício Franco B dos

; Ribeiro, Ailton

; Siqueira, Walter José

; Melo, Arlete MT de

Horticultura Brasileira

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Set 2011, Volume 29 Nº 3 Páginas 304 - 310

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Objetivou-se avaliar e selecionar híbridos experimentais F1 de tomate de mesa do grupo salada quanto ao desempenho agronômico em condições de campo. Conduziu-se o experimento na Estação Experimental da Nunhems do Brasil, em Paulinia-SP, de fevereiro a junho de 2008. Obtiveram-se híbridos experimentais entre dez linhagens do BAG de tomate da Nunhems. Utilizou-se o delineamento experimental blocos casualizados com 36 tratamentos, quatro repetições e dez plantas por parcela. Com base no agrupamento de médias pelo teste de Scott-Knott, os resultados do desempenho agronômico dos híbridos experimentais para sete características avaliadas mostraram grande variabilidade entre os genótipos para comprimento de fruto e largura de fruto, com quatro grupos de médias. Os híbridos mostraram boa variabilidade para produção de frutos por planta e altura de planta, com três agrupamentos cada e, para as características número de frutos por planta, número de pencas por planta e distância da primeira penca do solo, mostraram-se menos divergentes, com dois grupos de médias. HE-38 e HE-14, com valores heteróticos positivos, destacaram-se como os mais produtivos em relação ao híbrido-padrão Aplauso.

The study aims to obtain and select F1 resistant hybrids of tomato for fresh market and evaluate their agronomic attributes in field conditions. The work was carried out at Nunhems Experimental Station, located in Paulínia, São Paulo State, Brazil, from February to June 2008. The experimental design was completely randomized blocks with 36 treatments, four replications and ten plants per plot. Based on the grouping of means by Scott-Knott test, the performance of hybrids for seven agronomic traits showed great variability among genotypes for fruit length and width with four groups of means. There was good variability for yield per plant, and plant height with three groups of means for each character. The traits fruit number per plant, cluster number per plant, and distance between the first cluster and the ground showed little divergence with two grouping means. HE-38 and HE-14 outperformed the standard Aplauso for fruit yield per plant showing positive heterotic effects.

5769 downloads

Heterogeneity of linalool chemotypes of Lippia alba (Mill.) N.E.Br., based on clonal half-sib progenies
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Bottignon, Marcos Ribeiro

; Rufino, Elcio Rodrigo

; Marques, Márcia Ortiz Mayo

; Colombo, Carlos Augusto

; Azevedo Filho, Joaquim Adelino de

; Lourenção, André Luiz

; Martins, Antônio Lúcio Mello

; Siqueira, Walter José

Scientia Agricola

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Ago 2011, Volume 68 Nº 4 Páginas 447 - 453

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Lippia alba (Mill.) N.E.Br. is an aromatic and medicinal shrub native to the American continent. Despite its potential as a source of essential oil for the pharmaceutical and cosmetics industries, few selection and genetic improvement studies have been carried out. The aim of this study was to provide genetic information on this species for breeding programs, showing its selection potential, by investigating clonal half-sib progenies. The following characteristics were evaluated per plant: leaf dry mass (LDM), total dry mass (TDM), leaf yield (LY), essential oil yield (EOY) and oil production (OP). Estimates were made for the several genetic parameters including absolute genetic gain at 30% selection intensity, correlations and relative contribution of additive and environmental effects to phenotypic correlation. Two experimental trials on 30 progenies were conducted: one in Campinas, state of São Paulo (SP), Brazil, with two harvests of the aerial part, and one in Monte Alegre do Sul, SP, Brazil, with only one harvest. The trials were conducted in a randomized block design consisting of subplots with three replications, each plot (progeny) consisting of 8 to 15 clonally-replicated plants with subplot harvesting. Variations were detected between progenies and harvests, as well as progeny/harvest interactions in the split plot experiment. High heritability and genetic gains were obtained at both sites for LDM, TDM and OP. The lowest variations among progenies were obtained for LY and EOY, highlighting selection problems. Negative additive genetic correlations were obtained for EOY × LDM, EOY × TDM, LY × TDM and LY × LDM. Selection for LDM resulted in increased oil production per plant (OP), even where there was a negative correlation between LDM × EOY.

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Estimativas de parâmetros genéticos de caracteres relacionados ao vigor de estacas em Lippia alba
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Rufino, Elcio Rodrigo

; Siqueira, Walter José

; Marques, Márcia Ortiz Mayo

; Colombo, Carlos Augusto

; Chiorato, Alisson Fernando

; Azevedo Filho, Joaquim Adelino

; Lourenção, André Luiz

; Yamamoto, Paula Yuri

; Martins, Antônio Lúcio Mello

Bragantia

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Dez 2010, Volume 69 Nº 4 Páginas 779 - 786

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

A espécie Lippia alba da família Verbenaceae, aromática e medicinal, é um arbusto nativo com muito vigor e variabilidade genética. O principal interesse dos estudos com esta espécie são os óleos essenciais, cujas funções têm sido comprovadas cientificamente para aplicações nas indústrias de fármacos, cosmética, perfumaria e alimentícia. Apesar desta importância potencial, inexistem pesquisas sobre estimativas de parâmetros genéticos nesta espécie como forma de subsidiar o melhoramento que até o presente momento é incipiente. Este trabalho teve como objetivo, avaliar o potencial genético de Lippia alba, estimando parâmetros genéticos inicialmente em caracteres obtidos em nível de estacas, uma vez que é a forma tradicional de multiplicação da espécie. Os caracteres avaliados foram: sobrevivência (S%), comprimento de brotos (Cb) e massa de brotos (Mb). Nesses estudos iniciais de parâmetros genéticos, envolvendo vigor de estacas, formaram-se três grupos de progênies com tamanhos efetivos de 30, 23 e 7. Excetuando-se S%, obtiveram-se altas herdabilidades, no sentido restrito, para os três tamanhos efetivos, variando de 90,2% a 94,5% para Mb e 95,2 %a 97,1% para Cb. Para S%, os valores de herdabilidade foram moderados, entre 50,0% e 56,0%. Os ganhos genéticos foram semelhantes também nos três grupos de progênies formados, refletindo ampla variabilidade genética mesmo para o grupo de reduzido tamanho efetivo de progênies. As correlações genéticas aditivas foram elevadas (87,9% a 99,9%), com predomínio nas correlações fenotípicas (G% entre 94,1% a 98,8%). Apesar das correlações elevadas de ambiente a proporção destes efeitos ambientais na correlação fenotípica foi baixa (E% entre 1,2% a 5,9%).

The species Lippia alba, belonging to the Verbenaceae family, is a vigorous wild bush with aromatic and medicinal properties. Due to the presence of several essential oils, it is used among others, mostly in drugs and cosmetics, perfumes. The species is poorly studied and no genetic parameter is known to help breeding programs. The main purpose of this research was to evaluate survival (S%), branches length (BL) and fresh weight (FW), in three progenies. High heritabilities, (FM 90.2% - 94.5%; BL 95.2% - 97.1%), in the narrow sense, were observed in all progeny groups, except for S% (50.0% - 56.0%). Genetic gains were similar for all three traits, strongly suggesting the presence of large genetic variability. Additive genetic correlations were high (87.9% - 98.8%) and predominate in the phenotypic correlations (G% - 94.1% - 98.8%). Despite the high environmental correlations, their effects on the phenotypic correlations were quite small (E% 1.2 % - 5.9%).

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Performance of ginger grass (Lippia alba) for traits related to the production of essential oil
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Yamamoto, Paula Yuri

; Colombo, Carlos Augusto

; Azevedo Filho, Joaquim Adelino

; Lourenção, André Luiz

; Marques, Márcia Ortiz Mayo

; Morais, Guilherme Domingues da Silva

; Chiorato, Alisson Fernando

; Martins, Antônio Lúcio Mello

; Siqueira, Walter José

Scientia Agricola

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2008, Volume 65 Nº 5 Páginas 481 - 489

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

A Lippia alba (Verbenaceae) é um arbusto produtor de óleo essencial com importantes atividades biológicas, farmacológicas e aromatizantes. Visando o cultivo sustentado de uma nova espécie com potencial econômico, os objetivos deste trabalho foram avaliar o desempenho da L. alba para massa de folha fresca (MF), massa de folha seca (MS), sintomas de vírus (SV - Cucumber mosaic virus, CMV), rendimento de óleo essencial (RE) e composição química do óleo (CQ), e avaliar a estabilidade e adaptabilidade fenotípica para o caráter MS. Dez genótipos pertencentes a quatro grupos químicos foram testados em seis experimentos instalados no estado de São Paulo, Brasil, com delineamento em blocos ao acaso e duas plantas por parcela. Em Monte Alegre do Sul e Pindorama, foi utilizado espaçamento de 2,0 x 0,4 x 1,6 m e em Campinas, foram instalados quatro experimentos 1,0 x 0,4 x 0,6 m sob condições distintas de adubação e irrigação. O efeito de genótipo foi significativo para todas as características avaliadas, revelando elevada produtividade de folhas do IAC-16 (citral), RE Yamamoto et al. superior dos quimiotipos linalol e limoneno/carvona e susceptibilidade deste último ao CMV. As oscilações no desempenho dos genótipos nos diferentes experimentos foram de baixa magnitude para os caracteres fitoquímicos (RE e CQ) e nenhuma variação qualitativa foi observada para CQ. Os genótipos IAC-2 (linalol) e IAC-13 (limoneno/carvona) apresentaram-se estáveis para MS e com ampla adaptabilidade, e são recomendados para o início do cultivo da espécie. A presente pesquisa fornece subsídios também para o início de programas de melhoramento genético em L. alba.

Lippia alba (Verbenaceae) is a shrub whose essential oil has important biological, pharmacological, and aromatizing properties. To reach the sustained cultivation of new species with economic potential, the present study aimed to evaluate L. alba performance for fresh leaf matter (FM), leaf dry matter (DM), virus symptoms (VS - Cucumber mosaic virus, CMV), oil yield (OY), and oil chemical composition (OC), and to evaluate DM stability and adaptability. Ten genotypes of four chemical groups (chemotypes) were evaluated in six experiments designed as randomized blocks with two plants per plot, over the whole State of São Paulo, Brazil. A 2.0 x 0.4 x 1.6 m spacing was used in Monte Alegre do Sul and Pindorama, while a 1.0 x 0.4 x 0.6 m spacing was used in Campinas, where four experiments were established under different irrigation and fertilization conditions. The genotype effect was significant (p < 0.05) for all traits evaluated, with high leaf productivity of IAC-16 (citral chemotype), best OY means in the linalool and limonene/carvone chemotypes, and susceptibility of the latter chemotype to CMV. The genotype performance oscillations in the six environments were significant for FM and DM, and despite their significance for phytochemical traits (OY and OC), they were of low magnitude. No qualitative variation was detected for OC. The IAC-2 (linalool) and IAC-13 (limonene/carvone) genotypes showed high stability and wide adaptability, and are recommended to establish initial cultivations of this species. This research also indicated genetic sources to start Lippia alba genetic breeding programs.

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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource
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Vieira, Luiz Gonzaga Esteves

; Andrade, Alan Carvalho

; Colombo, Carlos Augusto

; Moraes, Ana Heloneida de Araújo

; Metha, Ângela

; Oliveira, Angélica Carvalho de

; Labate, Carlos Alberto

; Marino, Celso Luis

; Monteiro-Vitorello, Claúdia de Barros

; Monte, Damares de Castro

; Giglioti, Éder

; Kimura, Edna Teruko

; Romano, Eduardo

; Kuramae, Eiko Eurya

; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo

; Almeida, Elionor Rita Pereira de

; Jorge, Érika C.

; Albuquerque, Érika V. S.

; Silva, Felipe Rodrigues da

; Vinecky, Felipe

; Sawazaki, Haiko Enok

; Dorry, Hamza Fahmi A.

; Carrer, Helaine

; Abreu, Ilka Nacif

; Batista, João A. N.

; Teixeira, João Batista

; Kitajima, João Paulo

; Xavier, Karem Guimarães

; Lima, Liziane Maria de

; Camargo, Luis Eduardo Aranha de

; Pereira, Luiz Filipe Protasio

; Coutinho, Luiz Lehmann

; Lemos, Manoel Victor Franco

; Romano, Marcelo Ribeiro

; Machado, Marcos Antonio

; Costa, Marcos Mota do Carmo

; Sá, Maria Fátima Grossi de

; Goldman, Maria Helena S.

; Ferro, Maria Inês T.

; Tinoco, Maria Laine Penha

; Oliveira, Mariana C.

; Van Sluys, Marie-Anne

; Shimizu, Milton Massao

; Maluf, Mirian Perez

; Eira, Mirian Therezinha Souza da

; Guerreiro Filho, Oliveiro

; Arruda, Paulo

; Mazzafera, Paulo

; Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa

; Oliveira, Regina L.B.C. de

; Harakava, Ricardo

; Balbao, Silvia Filippi

; Tsai, Siu Mui

; Mauro, Sonia Marli Zingaretti di

; Santos, Suzana Neiva

; Siqueira, Walter José

; Costa, Gustavo Gilson Lacerda

; Formighieri, Eduardo Fernandes

; Carazzolle, Marcelo Falsarella

; Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães

Brazilian Journal of Plant Physiology

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Mar 2006, Volume 18 Nº 1 Páginas 95 - 108

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de "commodities". O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados "online" em <A HREF="http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe">http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at <A HREF="http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe">http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets.

11944 downloads

10.

Características da atividade da peroxidase de abacaxis (Ananas comosus (L.) Merrill) da cultivar IAC Gomo-de-mel e do clone IAC-1
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Brito, Carlos Alexandre Koguishi de

; Sato, Hélia Harumi

; Spironello, Ademar

; Siqueira, Walter José

Food Science and Technology

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Jun 2005, Volume 25 Nº 2 Páginas 244 - 249

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

No presente trabalho foram estudadas as características bioquímicas das peroxidases de novos abacaxis, cultivar IAC Gomo-demel e clone IAC-1. As peroxidases dos sucos destes abacaxis apresentaram atividade ótima entre 45ºC e 50°C e entre 50°C e 55°C, respectivamente. Estas peroxidases apresentaram atividade ótima em pH 4,5 e mostraram-se estáveis na faixa de pH 4,0 a 9,0, retendo, após 24 horas de incubação a 50ºC, mais de 80% da atividade inicial. Foi observada regeneração parcial da atividade da peroxidase, após tratamento a 75ºC por 10 minutos. As peroxidases dos sucos dos abacaxis estudados foram inativadas, após tratamento a 90ºC por 2 minutos.

In the present work, the biochemical characteristics of peroxidase enzymes from new pineapples, cultivar IAC Gomo-de-mel and clone IAC-1, were studied. The peroxidases obtained from the juice of this pineapples presented optimum activities from 45 ºC to 50 ºC and 50 ºC to 55 ºC, respectively. These peroxidases showed maximum activity at pH 4.5 and showed stability at pH 4.0 to 9.0, retaining after 24 hours of incubation at 50 ºC more than 80% of initial activity. Partial regeneration of peroxidase activity was observed after treatment at 75 ºC for 10 minutes. The peroxidases from pineapple juices studied were inactivated after treatment at 90 ºC for 2 minutes.

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11.

Influências ambientais no rendimento intrínseco do café
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Gaspari-Pezzopane, Cristina de

; Medina Filho, Herculano Penna

; Bordignon, Rita

; Siqueira, Walter José

; Ambrósio, Luís Alberto

; Mazzafera, Paulo

Bragantia

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2005, Volume 64 Nº 1 Páginas 39 - 50

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Estudou-se a influência de alguns fatores ambientais no Rendimento Intrínseco (RI) do café, relação percentual entre a massa de dois grãos normais tipo chato e a do respectivo fruto que os contêm. Verificaram-se decréscimos até de 18% nos valores de RI de frutos entre os estádios de maturação de verde a passa, e em sete localidades diferentes ocorreram variações significativas até de 12%. Em dois locais diferentes no mesmo município, o RI variou até em 6%, tendo sido observadas diferenças de 2% entre quatro lotes diferentes de um mesmo local. Em um mesmo lote experimental observaram-se diferenças até em 3,7% no RI de diferentes plantas da mesma cultivar. Variações de altitude até de 330 m, na mesma localidade, correlacionaram-se positivamente com variações até em 4,4% no RI. Quanto à influência da posição dos frutos na planta, verificou-se que o RI diminui, até em 4,4% à medida que os frutos se afastam do ramo ortotrópico, em 1,5% na exposição Leste e em 0,5% nas posições superiores e medianas da planta. Pelos resultados, verifica-se considerável influência ambiental afetando essa característica. Para fins de melhoramento genético, a seleção, para a característica RI, deve ser realizada com base em amostras padronizadas quanto à maturação, posição na planta e representar pelo menos dez plantas de progênies uniformes avaliadas no mesmo lote experimental.

It was studied the influence of several environmental factors on the intrinsic outturn (RI) of coffee, ratio between the weight of two flat beans and the respective fruit containing them. The RI decreased up to 18% in fruits from unripe (green) to overripe (raising) stage. In seven localities evaluated fruit RI's varied up to 12%. In two different sites of the same locality variation on RI up to 6% was observed. It was observed a difference of 2% among four experimental plots in the same site. Plants of the same cultivar grown in a single experimental plot displayed RI with differences up to 3,7%. In the same locality variations up to 330 meters in altitude were positively correlated with variations up to 4,4% in the RI. Regarding to the influence of the fruit position within the plant it was observed that RI decreased, up to 4,4% if the fruits are located farther from the orthotropic branch, 1,5% in the East side and 0,5% at the middle and upper parts of the plants. The results pointed out that there are considerable environmental influences on the intrinsic outturn of coffee. For breeding purposes, selection for higher RI's must be based on standard sampling as to ripening stage, position in the plant, and be representative of at least 10 plants of uniform progenies evaluated in the same experimental plot.

2105 downloads

12.

Avaliação da resistência de acessos de tomateiro a tospovírus e a geminivírus
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Lourenção, André Luiz

; Melo, Arlete M. T. de

; Siqueira, Walter José

; Colariccio, Addolorata

; Melo, Paulo César T. de

Horticultura Brasileira

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Jun 2004, Volume 22 Nº 2 Páginas 193 - 196

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Treze linhagens avançadas e três cultivares de tomateiro foram avaliadas em condições de campo para resistência a tospovírus e a geminivírus, em Campinas (SP). O germoplasma avaliado compreendeu linhagens do grupo IAC e as cultivares Stevens, Franco e IPA-5. Um mesmo experimento foi instalado em duas épocas. Na primeira, o experimento foi conduzido de 12/2001 a 2/2002, e a única espécie de tospovírus incidente foi Tomato chlorotic spot virus (TCSV). Na segunda época, de 7 a 9/2002, houve infecção por Tomato yellow vein streak virus (TYVSV), sendo a avaliação realizada mediante determinação da porcentagem de plantas infectadas e pela intensidade dos sintomas, medida por escala de notas. Não houve discriminação dos tratamentos com base no primeiro critério, mas o uso de notas permitiu a diferenciação do germoplasma, com destaque para a linhagem IAC-S3-16. Considerando-se ambas as épocas, confirmou-se a suscetibilidade de 'IPA-5' aos dois patógenos e demonstrou-se o comportamento de resistência de 'Franco' a TCSV e a TYVSV. Ainda deve ser destacado o desempenho das linhagens IAC-S3-54, IAC-S3-318, IAC-S4-39 e IAC-SVS-1, com baixas porcentagens de infecção por TCSV, e notas de sintomas de TYVSV próximas à média de 'Franco', caracterizando-se como promissoras para obtenção de cultivares com resistência aos dois vírus.

Thirteen lines and three commercial tomato cultivars were screened for tospovirus and geminivirus resistance under field conditions, in Campinas, São Paulo State, Brazil. The germplasm comprised advanced IAC lines plus cultivars Stevens, Franco and IPA-5. The same experiment was carried out in two planting seasons. In the first (December 2001 to February 2002), only Tomato chlorotic spot virus (TCSV) occurred in the field. In the second (July to September 2002), Tomato yellow vein streak virus (TYVSV) was identified in the experimental area, and the evaluation was carried out through counting of infected plants and by symptom intensity scoring by notes. There were no treatment differences by using the first criterion, but the score evaluation was effective in detecting differences among genotypes; line IAC-S3-16 showed an outstanding performance. Considering the two trials, the susceptibility of 'IPA-5' to both pathogens was confirmed; in addition, resistance of 'Franco' to TCSV and TYVSV was observed. Lines IAC-S3-54, IAC-S3-318, IAC-S4-39 and IAC-SVS-1 could be distinguished for the low infection by TCSV. So, these lines can be considered as promising genetic material to obtain cultivars with resistance to both viruses and good agronomic traits.

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13.

The genetics of tolerance to tristeza disease in citrus rootstocks
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Bordignon, Rita

; Medina-Filho, Herculano Penna

; Siqueira, Walter José

; Teófilo Sobrinho, Joaquim

Genetics and Molecular Biology

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2004, Volume 27 Nº 2 Páginas 199 - 206

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Controlled pollinations between four elite citrus rootstocks, Citrus limonia - 'Limeira' rangpur lime (Cravo), C. sunki - 'Sunki' mandarin (Sunki), C. aurantium - 'São Paulo' sour orange (Azeda) and Poncirus trifoliata - 'Davis A' trifoliate orange (Trifoliata), resulted in 1614 nucelar and 1938 hybrid plants identified by the isozyme loci Pgi-1, Pgm-1, Got-1, Got-2, Aps-1, Me-1, Prxa-1 and or by the morphological markers broadness of leaf petiole wing or trifoliolate leaves. Tolerance to the citrus tristeza virus (CTV) was evaluated under nursery and field conditions for several years by the reaction of Valencia orange infected with a severe strain of CTV and grafted onto the hybrids and nucellar clones. Genetic analyses indicated that tolerance was controlled by at least two loci designated here as Az and t interacting in dominant-recessive epistasis. Genotypes Az__ __ __ and __ __ tt were tolerant while azaz T__ was intolerant. The intolerant Azeda was azaz TT, the tolerant rootstocks Sunki and Cravo were Azaz tt and the Trifoliata was Azaz TT. The different degrees of intolerance seen in some hybrids may reflect the inability of segregating modifiers from parental clones to overcome the epistatic interaction that controls the major tolerance reaction.

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14.

Segregações gaméticas de locos isoenzímicos em porta-enxertos de citros e suas contribuições alélicas na formação de híbridos
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Medina Filho, Herculano Penna

; Bordignon, Rita

; Siqueira, Walter José

Bragantia

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2003, Volume 62 Nº 3 Páginas 357 - 367

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Estudaram-se os porta-enxertos de citros, Citrus limonia (limão Cravo), C. sunki, (tangerina Sunki), C. aurantium (laranja Azeda) e Poncirus trifoliata (Trifoliata) por meio de eletroforese horizontal descontínua em gel de amido quanto aos seus genótipos e suas segregações dos locos isoenzímicos Pgi-1, Pgm-1, Got-1, Got-2, Prxa-1, Aps-1 e Me-1, bem como às suas contribuições alélicas a mais de 400 híbridos entre eles. Os locos Me-1 e Aps-1, embora úteis para identificação de híbridos, são homozigotos nos genitores, portanto, inadequados às análises de segregações gaméticas nos genitores e das contribuições alélicas a seus híbridos e foram, por esta razão, desconsiderados. Em Trifoliata, o loco duplicado Got-2, anteriormente descrito com genótipo MT.SS, é na verdade SS.MT, em que S é um alelo de F em Sunki (FF.MM) e de F e M em Azeda (FM.MM), enquanto os alelos M e T da duplicação são alelos de M do loco homozigoto MM de Azeda e Sunki, assim determinados pelo padrão de bandas dos híbridos e pela formação dos correspondentes heterodímeros intraloco. Considerando-se 27 segregações para os cinco locos estudados verificou-se a ocorrência de distorções estatisticamente significativas em seis (22%) delas. Assumindo-se a ausência de seleção, haja vista as condições ideais de germinação em placas de Petri, a separação dos embriões e a determinação dos genótipos já no primeiro ou segundo par de folhas, os resultados refletem, provavelmente, distorção na proporção dos alelos nos gametas dos genitores, ou transmissão diferencial dos alelos, ou ainda, distinta viabilidade de seus portadores nos zigotos híbridos. Devido à co-dominância dos alelos de isoenzimas, foi possível deduzir a contribuição relativa de cada alelo dos locos heterozigotos dos genitores a partir dos genótipos das progênies híbridas. Não se observaram distorções genotípicas oriundas do genitor Trifoliata, porém ocorreram em um loco de Azeda e de Sunki e nos três locos testados de Cravo. Tais distorções acentuadas são congruentes com uma possível origem híbrida interespecífica do limão Cravo e também ilustram a dificuldade de trabalhos de genética que envolvem quantificações de genótipos em progênies zigóticas de citros.

The rootstock clones Rangpur lime(Citrus limonia), Sunki mandarin (C. sunki), Sour orange (C. aurantium) and Trifoliate orange(Poncirus trifoliata) were studied by discontinuous horizontal starch gel electrophoresis as to genotypes and segregations of the isozyme loci Pgi-1, Pgm-1, Got-1, Got-2, Prxa-1, Aps-1 and Me-1 as well as their relative allelic contributions to more than 400 hybrids between them. The loci Aps-1 and Me-1, although useful for identifying hybrids are homozygous in the genitors and consequently were disregarded in the studies of segregation and allelic contribution. In Trifoliate orange, the duplicate Got-2 locus previously described as having the genotype MT.SS is actually SS.MT being S an allele of F in Sunki (FF.MM) and of F and M in Sour orange (FM.MM). M and T of the duplication are alleles of M of the homozygous locus of Sour orange and Sunki as determined by the banding pattern observed in the hybrids and by the formation of the correspondent intralocus heterodimers. Among 27 segregations for the five loci investigated, statistically significant distorted segregations, occurred in six (22%) of them. Considering the absence of selection provided by ideal conditions of germination, handling of young hybrid embryos in Petri dishes and determination of genotypes at the first or second leaf pair, the results probably reflect distortion in the relative proportion of alleles in the gametes of the genitors, differential transmission of the alleles or distinct viability of their bearers in the hybrid zygotes. Due to the codominance of the alleles it was possible, from the genotypes of the hybrids, to deduce the relative contribution of each allele of the heterozygous loci of the genitors. Genotypic distortions did not come from the Trifoliate orange, occurred in one locus of Sour orange and Sunki mandarin and was traced back to Rangpur lime in the three tested loci. Such marked distortions are congruent with a possible interspecific hybrid origin of Rangpur lime and also illustrate the difficulty of genetic studies in citrus involving genotype proportions in zygotic progenies.

1611 downloads

15.

A tristeza dos citros e suas implicações no melhoramento genético de porta-enxertos
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Bordignon, Rita

; Medina Filho, Herculano Penna

; Muller, Gerd Walter

; Siqueira, Walter José

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2003, Volume 62 Nº 3 Páginas 345 - 355

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O Brasil é o maior produtor mundial de citros e, historicamente, a tristeza, a doença de maior importância econômica da cultura. Causada por um closterovirus (CTV) de RNA fita simples positiva, encontra-se disseminada por quase todas as regiões citrícolas do globo. Transmitida por enxertia e algumas espécies de pulgão, principalmente Toxoptera citricida, apresenta diversas estirpes, causando sintomas variados em Citrus e afins. Proteção cruzada de copas sensíveis através de estirpes fracas do vírus é uma eficiente técnica de controle desenvolvida no Brasil e utilizada em várias partes do mundo. Métodos de detecção e caracterização do vírus baseiam-se nos sintomas de variedades e clones específicos, mas, métodos sorológicos e moleculares são empregados também no monitoramento da expansão da doença. As plantas, não raro, são infectadas com mais de uma estirpe, que se podem recombinar geneticamente e são passíveis de transmissibilidade diferencial pelos vetores ou por diferentes borbulhas da mesma planta. A composição do complexo de estirpes presente na planta pode alterar-se após poda drástica, ou em resposta a condições ambientais. Tipos menores de RNA defectivos e subgenômicos ocorrem freqüentemente junto às partículas normais do CTV. Alguns defectivos estão associados aos sintomas de amarelecimento de plântulas. O controle da doença é feito pelo uso de variedades de copas e de porta-enxertos que interagem conforme a capacidade de multiplicar as partículas virais em suas células e de tolerar sua presença nos tecidos do floema. Essas características têm importantes implicações para o cultivo e melhoramento. A presente revisão discute também as reações de plantas enxertadas e de pé-franco, ressalta os problemas, conceitos básicos e as implicações relevantes para o melhoramento genético de porta-enxertos.

Brazil is the world leading citrus producer and historically, tristeza is the most serious disease in economic importance. Tristeza is caused by a single strand RNA closterovirus, Citrus Tristeza Virus (CTV), is disseminated in almost all citrus regions of the world. It is transmitted by grafting and by several species of aphids mainly Toxoptera citricida. There are several virus strains, causing variable symptoms in the majority of species and related genera of Citrus. Cross-protection by mild virus strains is an efficient technique for protecting very sensitive scions in Brazil and elsewhere. Methods for detecting and characterizing virus strains are classically based on the reaction symptoms of specific varieties and clones. However, development of serological and molecular methods have allowed progress in the characterization and in monitoring the spread of the disease. Plants may be infected with more than one strain that can undergo genetic recombination, show differential transmissibility by the vector aphids, have composition of the strain complex altered by drastic pruning, temperature, and also segregate among budwoods, or by sub-culture in different clones. Smaller defective RNAs are often associated with normal CTV particles, some correlated with symptoms of seedling yellows. Efficient control is achieved by favorable combinations of scions and rootstocks. They react in predictable interactions dependent on both, the capability to multiply the viruses and to tolerate their presence in phloem tissues. These peculiarities have important implications on practical cultivation and on the genetic improvement of scions and rootstocks. This review discuss also the reaction of grafted and non-grafted plants, and highlights problems, basic concepts and relevant implications for citrus rootstock improvement.

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